Помогите, пожалуйста, с потоками.

Я понятия не имею про openmp, но определение максимального элемента я бы сделал так:

  // находим максимальный элемент
#pragma omp parallel shared(a, b) private(i)
  {
#pragma omp for

    k = a[0];
    for (i = 1; i < N; i++) {
        if (a[i] > k)
            k = a[i];
    }

    l = b[0];
    for(i = 1; i < N; i++) {
        if (b[i] > l)
            l = b[i];
    }

    for(i = 1; i < N; i++) {
        m = (l > k ? l : k);
    }

  }
  printf ("%f\n", m);

Последний for на мой взгляд странен, но тебе наверно виднее.